JavaScriptを生成するコードについては、ファイルモジュールを使うことを強くお勧めします。そして、global.d.tsはグローバル変数の宣言や、標準のlib.d.tsに宣言されている型宣言を拡張する場合にのみ利用することを推奨します。
global.d.ts
lib.d.ts
declare module "型宣言ファイルがなくても問題ない何らかのライブラリ";